Kościół usytuowany jest na południowych krańcach Starówki, w pobliżu kompleksu budynków Zamku Książąt Pomorskich. Początki historii zakonu dominikanów w Słupsku sięgają XIII wieku, kiedy w 1278 roku, gdański książę Mestwin II, władający w tym czasie Ziemią Słupską, na prośbę Woyana – opata dominikanów gdańskich, wystawił na rzecz tego zakonu dokument fundacyjny. W dokumencie określone zostało miejsce lokacji oraz przywileje przyszłego klasztoru.
W 1395 roku zabudowania klasztorne wraz z kościołem spłonęły w wielkim pożarze miasta. W roku 1450 odbyła się pierwsza na Pomorzu kapituła prowincjonalna, uważa się powszechnie, że zarówno klasztor jak i kościół były już w tym czasie odbudowane. W roku 1524 na skutek rozruchów na tle religijnym, podburzony tłum splądrował kościół i klasztor a zakonników rozpędził. Zaniedbane i opuszczone kościelne zabudowania popadały powoli w ruinę. Przełomowym okresem w dziejach kościoła był początek XVII wieku, kiedy to odbudowy kościoła podjęła się księżna Erdmuta, żona księcia zachodniopomorskiego – Jana Fryderyka. Odbudowę zakończono w 1602 roku, w dniu 24 czerwca kościół został konsekrowany, otrzymując wezwanie św. Jana. Funkcję kościoła zamkowego, odrestaurowany budynek pełnił aż do wygaśnięcia dynastii Gryfitów. Przez ten okres, kolejni rezydenci sąsiedniego zamku dbali o jego utrzymanie, wyposażając wnętrze kościoła w wiele wspaniałych dzieł sztuki. Po roku 1693 kościół stał się własnością gminy protestanckiej.
W czasie II wojny światowej, działania wojenne oszczędziły budynek, częściowemu uszkodzeniu uległy jedynie okna i dach. Po remoncie przeprowadzonym w 1946 roku, kościół został ponownie konsekrowany, otrzymując wezwanie św. Jacka.
Z początku XVII wieku pochodzi renesansowy ołtarz, który charakteryzuje się przejrzystą i harmonijna konstrukcją. Ozdobiony jest ornamentami rzeźbiarskimi oraz obrazami. Z renesansu pochodzi również znajdująca się w kościele ambona. Jest bogato zdobiona malowidłami oraz detalami rzeźbiarskimi.
Na północnej ścianie kościoła znajduje się bogato zdobione marmurowe epitafium księżnej Anny, zaś po prawej stronie ołtarza, znajduje się barokowy nagrobek Ernesta Bogusława. Całość jest ogrodzona kutą kratą. Projektantem nagrobka i być może również wykonawcą, jest znany gdański rzeźbiarz – Hans Caspar Gockheller.
Książę Ernest Bogusław jest także fundatorem kościelnych organów. Wyróżniają się bardzo bogato rzeźbionym prospektem, na którym widoczne są tarcze herbowe Croyów i Gryfitów. Organy są używane, w trakcie organizowanych koncertów, odbywających się każdego lata. Ważnym zabytkiem kościelnego wnętrza są kamienne płyty nagrobne z XVII i XVIII wieku oraz tablica konsekracyjna kościoła, pochodząca z 1602 roku.
Na przestrzeni lat, kościół pełnił ważną rolę miejsca pochówków, osób znaczących w historii Pomorza Zachodniego. Pochowano tutaj m.in. zmarłą w 1454 roku księżną Marię (żonę księcia Bogusława IX), księżną Zofię (matkę Bogusława X) zmarłą w 1497 roku, w jednej z krypt pod ołtarzem spoczęły zwłoki księżnej Anny i jej syna Ernesta Bogusława. Cynowe sarkofagi mieszczące w sobie drewniane trumny, zostały wydobyte w 1976 roku i po poddaniu konserwacji są prezentowane w stałej ekspozycji Muzeum Pomorza Środkowego.
