Ewenementem na skalę kraju, a nawet Europy są liczne naturalne wyspy na jeziorach kompleksu. Ostrów Wielki, Glonek, Ostrów Mały, Sorka, Sidły, Mielnica, Przerośla i Ceronek to wyspy jeziora Wdzydze. Na jeziorze Gołuń znajduje się wyspa Trzepcyn, a na Jelenim – Ostrówek. Największa z wysp, Ostrów Wielki, o powierzchni 90,66 ha i długości około 3 km to druga co do wielkości wyspa jeziorna w Polsce. Najmniejsza – to zaledwie kępa trzcin wyrastających ponad powierzchnię wody. Wszystkie jednak mają ogromne znaczenie jako siedlisko i obszar lęgowy rzadkich i chronionych ptaków wodno-błotnych. Na wyspach i w ich okolicy należy zachować ciszę, nie płoszyć, nie chwytać i nie zabijać zwierząt. Zakazuje się cumowania łodzi, rozpalania ognisk i tworzenia obozowisk. Obowiązuje zakaz używania łodzi motorowych i innego sprzętu motorowego na otwartych zbiornikach wodnych Wdzydzkiego Parku Krajobrazowego.