Kuźnię, zwaną od pracujących w niej dwóch wielkich młotów „młotownią”, wzmiankują źródła pisane już w 1597 roku, kiedy stanowiła własność posiadacza wielkich dóbr, Jana Klinghammera, od którego przejął ją drogą kupna opat oliwskich cystersów Dawid Konarski.

Czynne tu były wówczas dwie kuźnice żelaza. Wielka, będąca obecnie placówka muzealną i druga, mała oraz młyn prochowy. Inna była wówczas sieć wodna i zabudowa w sąsiedztwie wielkiej kuźnicy. Ta ostatnia przynosiła konwentowi pokaźne zyski. W XVIII w. dzierżawca tego zakładu płacił 140 florenów rocznie i dostarczał klasztorowi żelazo w ilości 3,5 funta okrętowego (1 funt okrętowy = 139 kg). Produkcja kuźnicy wynosiła jeszcze w 1830 r. 1340 funtów okrętowych.

Zakład nie doznał większych szkód w czasie działań wojennych w 1945 roku, po czym przejęła go spółdzielnia „Żeliwiak”, która użytkowała go przez dwa lata i ze względu na nierentowność produkcji porzuciła. Jedyny w północnej Polsce tego rodzaju zabytek przemysłowy ulegał stopniowej dewastacji.

Po interwencjach miłośników zabytków, w 1957 roku młyn przejęło Muzeum Techniki NOT w Warszawie. Po zabezpieczeniu zrujnowanego budynku i zachowanych urządzeń, odnalezieniu dokumentacji i opracowaniu założeń technicznych, odnowiony obiekt zamieniono na muzealny, otwarty dla publiczności 17 czerwca 1978 roku.

Kuźnia Wodna przyjmuje indywidualnych turystów i wycieczki. Nie podjęto dalszej produkcji, demonstruje się jedynie pracę zakładu, ewentualnie wybija metalowe pamiątki dla zwiedzających. Na wyposażenie Kuźni, typowe dla epoki odrodzenia, składają się m.in. trzy koła wodne, dwa masywne wały dębowe, młoty, piec grzewczy, wielkie nożyce do cięcia żelaza.

Obok młyna zachowały się w swym dawnym kształcie: dwa upusty, tama i „wielki staw kuźniczy”. Do Młyna XIII należały jeszcze dwa niezależne warsztaty położone nad potokiem, połączone szerokim zadaszeniem. Nieco dalej znajduje się niedawno odrestaurowany dworek piętrowy z końca XVIII wieku (później przebudowany), który należał do właściciela Młyna XV.