Administrator apostolski diecezji gdańskiej ks. dr Andrzej Wronka powierzył w sierpniu 1946 roku saletynom w obsługę duszpasterską miejscowość Sobieszewo. W drugiej połowie września 1946 roku z polecenia ks. prowincjała Michała Kolbucha, został skierowany do Sobieszewa ks. Stanisław Krzyworączka w celu założenia i zorganizowania parafii.

Po odbudowaniu i restauracji kościoła ewangelickiego oraz dostosowaniu do potrzeb obrządku katolickiego, władzę kościelne erygowały w dniu 1 stycznia 1947 roku parafię pod wezwaniem Matki Bożej Saletyńskiej. Dnia 5 października 1947 roku miał miejsce akt poświecenia odbudowanej świątyni, którego dokonał ks. prowincjał Michał Kolbuch. Na terenie parafii znajdował się również dom zakonny SS. Franciszkanek z kaplicą pod wezwaniem Matki Bożej Gwiazdy Morza, która została poświęcona w dniu 15 lipca 1946 roku.

W sierpniu 1961 roku z inicjatywy ks. proboszcza Wincentego Bugiela sprowadzono z Dębowca do sobieszewskiej świątyni figurę Matki Bożej Płaczącej. Figura ta jest najstarszą w Polsce (1926 r.) i cieszy się wielkim kultem. Dnia 22 lutego 1986 roku kościół spłonął. Uratowano z pożaru łaskami słynącą figurę Matki Bożej Saletyńskiej. Z inicjatywy ks. proboszcza Zbigniewa Czuchry zgromadzono odpowiednie środki materialne na budowę nowego kościoła. Jego projekt opracował prof. Leopold Taraszkiewicz i jego syn, dr Antoni Taraszkiewicz.

Budowę rozpoczęto 8 maja 1989 roku, a w dniu 19 października 1995 roku ks. arcybiskup gdański, Tadeusz Gocłowski, dokonał uroczystego poświęcenia kaplicy Matki Bożej Płaczącej w nowo wybudowanej ku jej czci świątyni. Aktem tym arcybiskup erygował sanktuarium pojednania dla Trójmiasta i Północnej Polski.

Dnia 5 sierpnia 2007 roku, dzięki staraniom ks. prowincjała Władysława Pasiuta MS, aktu koronacji biskupimi koronami, łaskami słynącej figury Matki Bożej Saletyńskiej, dokonał metropolita gdański abp Tadeusz Gocłowski.