Główna siedziba MG mieści się w Ratuszu Głównego Miasta, w który niegdyś urzędowali włodarze Gdańska. Osobliwością Ratusza jest słynna Sala Czerwona z bogatym, pełnym przepychu wystrojem wnętrza zaliczanym do najcenniejszych w Europie. Na stropie znajduje się piękny plafon, z centralnie usytuowanym obrazem Apoteoza Gdańska autorstwa Izaaka van den Blocke. Całość tworzy wyjątkowy klimat i ukazuje bogactwo ówczesnego Gdańska
W sąsiedztwie Ratusza znajduje się oddział Muzeum – dawny dwór bractw rycerskich, Dwór Artusa. Już od samego wejścia witają nas królowie Zygmunt III Waza oraz jego syn Władysław IV. Wielka Sala licząca ponad 12 m wysokości zachwyca przestrzenią i wysmukłymi kolumnami, które podtrzymują strop. Renesansowy piec kaflowy pochodzący 1545r. jest największym piecem jaki powstał w tamtych czasach w Europie.
Ostatnim oddziałem Muzeum, który znajduje się na Drodze Królewskiej jest Dom Uphagena. Kamienica, którą w przeszłości zamieszkiwał bogaty kupiec Jan Uphagen, wielki miłośnik sztuki, została wyposażona przez gospodarza w najwyższej klasy meble. Umierając, zostawił testament, w którym polecił nie zmieniać wystroje jego domu. Ostatnia wola została wypełniona, a wydzierżawiona przez miasto kamienica została przekształcona na Muzeum Wnętrz Mieszczańskich.
Muzeum Zegarów Wieżowych w Kościele pw. Św. Katarzyny jest kolejnym oddziałem Muzeum, w którym zostały zgromadzone niepowtarzalne przedmioty. To jedyne takie miejsce w Polsce, w którym konserwuje się mechanizmy zegarowe. Kolekcja prezentuje przedmioty pochodzące od XV do XX wieku. Najnowszym nabytkiem oddziału jest nowoczesny i najdokładniejszy na świecie zegar pulsarowy.
Zespół Przedbramia Ulicy Długiej skrywa w swoich murach niepowtarzalna kolekcję bursztynu, prezentowaną przez Muzeum Bursztynu. „Złoto północy” ukazane jest zarówno w naturalnej formie, jak i artystycznym wyrobie rzemieślników.
Oddział Muzeum Historycznego Miasta Gdańska to również wodna Twierdza Wisłoujście zlokalizowana w bezpośrednim sąsiedztwie półwyspu Westerplatte. Ten ważny strategicznie obiekt obronny miasta, który strzegł wejście do portu na Martwej Wiśle, stanowi obecnie jeden z najcenniejszych tego typu zabytków w Europie.
Słynna Wartownia nr 1 na Westerplatte, która również jest oddziałem MHMG to jedna z najlepiej zachowanych przedwojennych budowli obronnych. W jej wnętrzu zorganizowana została wystawa poświęcona obronie i obrońcom walczącym o wolność we wrześniu 1939 roku. Wśród eksponatów zobaczyć można osobiste przedmioty majowa Sucharskiego, plastyczną mapę z wyznaczoną trasą przebiegu działań wojennych oraz liczne fotografie.
Oddziałem prezentującym pamiątki z czasów II Wojny Światowej jest też Muzeum Poczty Polskiej. Celem tego oddziału jest zachowanie pamięci o Obronie Poczty Polskiej w Gdańsku i szerzenie wiedzy na temat tych tragicznych wydarzeń, które miały miejsce w Polskim Urzędzie Pocztowym w Gdańsku w dniu 1 września 1939r.
