Mechowiska Sulęczyńskie stanowią ostoję dla 228 gatunków roślin, z czego 66 gatunków podlega ochronie. Jednymi z najcenniejszych gatunków występujących na tym terenie są rośliny wapniolubne m.in. kruszczyk błotny, dziewięciornik błotny, lipiennik Loesela oraz sierpowiec błyszczący.