Lotos Gdynia jest spadkobiercą założonej w 1946 roku Spójni Gdańsk. Na początku lat 90-tych klub przenosi się i gra w Gdyni gdzie
w kolejnych latach kilkakrotnie zmienia nazwe. W 1996 roku pod nazwą Warta S.A. zawodniczki zdobywają pierwszy w historii klubu złoty medal mistrzostw Polski. Kolejne lata to już absolutna dominacja koszykarek grających w żółto-niebieskich strojach. Dorobek powiększył się do 11 mistrzostw Polski oraz wielu innych medali, a największe osiągnięcie to dwukrotny wicemistrz Euroligi. Pod obecną nazwą zespół występuje od 2001 roku, a od 2008 roku Lotos Gdynia swoje mecze rozgrywa na Hali Widowiskowo Sportowej w Gdyni.

Najważniejsze daty:
1946 – założenie Spójni Gdańsk
1992 – przeniesienie Spójni do Gdyni
1996 – pierwsze mistrzostwo Polski
2002 – największy sukces drużyny, Wicemistrzostwo Euroligi
2008 – przenosiny na nową halę „Gdynia”