W roku 1995, w wyniku porozumienia pomiędzy Nadbałtyckim Centrum Kultury a Archidiecezją Gdańską, powstało tu Centrum św. Jana.
Pierwsza wzmianka o niewielkiej kaplicy pod wezwaniem Św. Jana pojawiła się w 1358 r. Od ok. 1360 r. trwała budowa trójnawowej świątyni. Prace zostały zakończone na pocz. XV wieku. W 1415 r. pojawiło się nowe prezbiterium i transept. Rozpoczęto stawianie wieży, które zostało przerwane przez wydanie przez Krzyżaków zakazu stawiania tak wysokich budynków w okolicy zamku. Budowę sklepień i wieży dokończono w trakcie wojny trzynastoletniej. Wtedy też ustaliła się forma kościoła, w jakiej istnieje do chwili obecnej. Po powrocie Gdańska w granice Polski, biskup kujawski Jan Gruszczyński dokonał podziału miasta na 6 parafii. Wówczas to świątynia stała się kościołem parafialnym. W ciągu XV i XVI w. cechy rzemieślnicze, zamożniejsze rodziny i bractwa ufundowały łącznie 13 ołtarzy dedykowanych m. in. Najświętszej Maryi Pannie, Św. Krzyżowi czy Św. Jakubowi.
Problem pojawił się gdy zbyt ciężka i posiadająca zbyt słabe fundamenty świątynia zaczęła nierównomiernie osiadać na niestabilnym gruncie. Na niestabilność budowli miały także wpływ zbyt głębokie pochówki. Konstrukcję wzmacniano kilkakrotnie.
W XVII wieku przy północnej stronie transeptu powstała biblioteka fundacji Zachariasza Zappio, który był sponsorem i budowniczym kościoła, a po śmierci swej ukochanej córki postanowił przekazać majątek na działalność charytatywną i pomoc ubogim.
Od połowy XVI w. Św. Jan stał się świątynią luterańską. Na miejscach ołtarzy pojawił się wielki, wykonany z szarego piaskowca, renesansowy ołtarz główny o wysokości 12 m, dedykowany św. Janowi Chrzcicielowi. Dzieło Abrahama van der Blocke ocalało podczas II wojny światowej i do dzisiaj jest wizytówką kościoła pw. św. Jana.
Kościół spłonął w wyniku działań wojennych w marcu 1945 r, lecz mury, choć uszkodzone, ocalały, podobnie jak większość dzieł sztuki wyniesionych wcześniej ze świątyni. Po wojnie w jego wnętrzu przechowywane były fragmenty rzeźb znajdowanych w ruinach, by po identyfikacji użyć ich do odbudowy gdańskiej starówki.
Pod koniec lat sześćdziesiątych odbudowana została wieża, a w latach osiemdziesiątych zrekonstruowano sklepienia. Umocniono podłogę, na którą, być może już niedługo, powrócą odrestaurowane płyty nagrobne. Chociaż odbudowa nie jest jeszcze skończona, od 1998 w kościele odbywają się w niedziele i święta msze święte. Duża ilość zabytków z tego kościoła znajduje się w innych gdańskich świątyniach. W kościele Najświętszej Maryi Panny znajduje się prospekt z chórem organowym. Powoli jednak dzieła sztuki wracają do Św. Jana. W grudniu zeszłego roku przekazana została balustrada stojąca niegdyś przy schodach do biblioteki Zappio.
W roku 1995, w wyniku porozumienia pomiędzy Nadbałtyckim Centrum Kultury a Archidiecezją Gdańską, powstało tu Centrum św. Jana. NCK zobowiązało się do zarządzania odbudową zniszczonego obiektu w celu uruchomienia w nim miejsca łączącego funkcję sali koncertowej i wystawowej. Głównym założeniem prowadzonej w tym miejscu działalności kulturalnej jest wykreowanie miejsca otwartego na różnorodne projekty i przedsięwzięcia artystyczne, miejsca służącego zarówno artystom, jak i odbiorcom sztuki, miejsca w którym następuje naturalna synchronizacja pomiędzy zachowanym dziedzictwem historyczno-kulturowym a współczesnością.
