Świątynia pochodzi z XV wieku, a od XVI do XX była kościołem luterańskim. W latach 1591-1600 dobudowano do halowej budowli wieżę w stylu gotyckim, a wnętrze zdobi ikonostas, ozdobna, pokryta ikonami ściana we wnętrzu cerkwi.

W czasie II wojny światowej budowla uległa prawie całkowitemu zniszczeniu, a odbudowa jej trwała ponad 25 lat. We wnętrzu zachowały się piękne gotyckie sklepienia w zakrystii i kaplicy oraz sklepienia kryształowe w bocznych wnękach. Po odbudowie kościół należał do zakonu jezuitów aż do 1990 r.

Od 1996 r. świątynia jest cerkwią greckokatolicką, która jako świątynia obrządku bizantyjsko-ukraińskiego nosi wezwanie św. Bartłomieja i Opieki Najświętszej Bogurodzicy i jest konkatedrą eparchii wrocławsko-gdańskiej, co jest odpowiednikiem katolickiej diecezji. Cerkiew grekokatolicka jest wspólnotą religijną wyodrębnioną z cerkwi prawosławnej w wyniku unii kościelnej zawartej w Brześciu Litewskim w 1596 roku, w ramach której część wyznawców prawosławia zamieszkałych na terenie Rzeczypospolitej, uznała zwierzchnictwo rzymskiego papieża i przyjęła dogmaty katolickie, zachowując jednak własny obrządek. Zarówno wystrój kościoła, jak i sprawowana w nim liturgia tkwi korzeniami w kulturze bizantyjskiej. Sporą część wiernych parafii stanowią osoby pochodzenia ukraińskiego, przez co jest ona jednym z centrów ukraińskiej kultury w Gdańsku.