Ze względu na układ węzła wodnego w Pruszczu możliwe było wybudowanie nowej elektrowni, na starym korycie rzeki Raduni. Do realizacja projektu przystąpiono po powodzi jaka miała miejsce w lipcu 2001r. Okazało się wówczas że przepustowość Kanału Raduni jest zbyt mała, aby przejąć całą wodę burzową płynącą z górnych tarasów Gdańska. Postanowiono wówczas zrealizować projekt budowy nowej elektrowni wodnej, na której obecnie spoczywa cały ciężar odbioru wody. Nowy obiekt, o mocy 250kW, jest całkowicie zautomatyzowany i połączony z Elektrownią wodną Pruszcz I przez co możliwe jest zarządzanie pracą obu obiektów w zależności od warunków hydrologicznych.