Zakon Cystersów gospodarował Ziemią Pelplińską przez prawie sześć wieków. Szarzy mnisi, jak powszechnie nazywano dawniej cystersów, wznieśli tu wspaniały klasztor, dzięki uposażeniu z rąk księcia Mściwoja II. z roku 1274, który podarował im Pelplin oraz ziemie pomiędzy rzekami Wierzycą, Janką i Węgiermucą. Konwent z opatem Wernerem na czele przybył tu z Meklemburgii w dwa lata później.
Legenda głosi, że miejsce pod budowę klasztoru wybrał osioł wypuszczony z przejściowej siedziby cystersów z Pogódek. Kiedy dotarł do Pelplina, zaryczał i dalej pójść nie miał już zamiaru. Mnisi zauroczeni krajobrazem pięknej doliny Wierzycy postanowili tu pozostać. Opat Werner rzec miał wówczas: „Bonum Est nos hic esse” czyli „Dobrze jest nam tu być”.
Z pewnością zakonnicy zastali tu już wcześniejsze zabudowania – ich najstarsze ślady pochodzą z przełomu XIII i XIV wieku.
Kiedy cystersi wznosili nad Wierzycą monumentalną świątynię na planie krzyża łacińskiego , rozeźlił się wielce diabeł czyhający na grzeszne dusze. Widząc niezwykłe piękno budowli wznoszonej ku chwale Boga Jedynego, zapragnął szatan ją zniszczyć i pognębić szarych mnichów. Pod osłoną nocy krążył po całym Kociewiu, by znaleźć kamień tak olbrzymi, którym mógłby zniszczyć katedrę. Kiedy blisko był realizacji swego niecnego planu, zaskoczył go świt. O pierwszym pianiu koguta czarna moc go opuściła a dźwigany z trudem głaz olbrzymi wpadł do Wierzycy i osiadł na dnie, gdzie znajduje się do dnia dzisiejszego.
Podczas dwóch wieków wznoszenia pelplińskiej świątyni miało miejsce jeszcze wiele innych zdarzeń, których przyczyną mogła być diabelska zawiść, o czym informuje Kronika Pelplińska. Mimo licznych przeciwności budowlę ukończono, wykorzystując nowatorskie urządzenia techniczne: wyciąg deptakowy, kołowroty i równoważnie – używane do wciągania drewnianych elementów więźby dachowej, do dnia dzisiejszego budzą powszechny podziw zwiedzających katedralne poddasza. Za datę zakończenia budowy przyjmuje się jednak rok 1557, w którym założono ostatnie sklepienia.
Od południa dobudowano do świątyni klasztor o skrzydłach skupionych wokół krużganków okalających prostokątny wirydarz(ogród wewnętrzny).
Poza murami klasztornymi na początku XIVw. wzniesiono „kaplicę przed bramą” przeznaczoną dla konwersów i ludności świeckiej (dziś kościół filialny pod wezwaniem Bożego Ciała).
W XIV wieku powstały też piękne zabudowania gospodarcze, bowiem opactwo pelplińskie otrzymywało sukcesywnie kolejne nadania ziemskie od książąt oraz królów polskich: Przemysława, Wacława II, Wacława III i Władysława Łokietka.
Klasztor rozwijał kulturę piśmienniczą, w tym miejscowe skryptorium. Ono to powiększało sukcesywnie książnicę klasztorną, której ogromna część przetrwała do dziś w Bibliotece Diecezjalnej. Opactwo zostało spustoszone w wyniku najazdu husytów (1433) oraz kilkakrotnie zrabowane podczas wojny trzynastoletniej (1454-1466) i w XVII w. podczas wojen polsko-szwedzkich. Jednak także w tym czasie nastąpił intensywny rozwój opactwa, głównie dzięki licznym fundacjom.
Widok opactwa pelplińskiego jawi się nam na Weducie nieznanego malarza z roku 1774. W niezmienionym układzie założenie klasztorne przetrwało do dziś.
W 1823 r. król pruski Fryderyk Wilhelm III wydał dekret o kasacie opactwa. Dziedzictwo cysterskie zagospodarowane zostało przez Diecezję Chełmińską a Pelplin stał się jej stolicą (od 1992 Diecezja Pelplińska).
