Początkowo (1960r.) muzeum funkcjonowało jako autonomiczny „Dział Morski” ówczesnego gdańskiego Muzeum Pomorskiego (obecnie Muzeum Narodowe), aby po dwóch latach przekształcić się w samodzielną instytucję z siedziba w Żurawiu przy Długim Pobrzeżu w Gdańsku.
Obecnie, Narodowe Muzeum Morskie (10 grudnia 2013r. decyzją ministra kultury, wzrosła ranga muzem do narodowego, do tego czasu funkcjonowało pod nazwą Centralne Muzeum Morskie) to osiem osobnych oddziałów (Spichlerze, Sołdek, Żuraw, Ośrodek Kultury Morskiej, „Dar Pomorza”, Muzeum Rybołówstwa, Muzeum Wisły oraz Muzeum Zalewu Wiślanego). Oprócz gromadzenia unikatowych zbiorów, specjalizuje się również w prowadzeniu archeologicznych badań podwodnych. Na mocy porozumienia z Wojewódzkim Konserwatorem Zabytków, Muzeum pełni funkcję Konserwatora Zabytków Podwodnych. Informacje o wystawach i godzinach otwarcia wszystkich oddziałów znajdują się na stronie www.cmm.pl.
