Cały kompleks stanowi unikatowy krajobraz na skalę krajową. Jego powierzchnia wynosi 1455,6 ha a głębokość maksymalnie dochodzi do 72 m. Pochodzenie jeziora wiąże się z najmłodszym okresem epoki lodowcowej na ziemiach Polski, zwanym zlodowaceniem bałtyckim. Jezioro tworzą dwie potężne, przecinające się rynny. Jedna z nich biegnie w kierunku równoleżnikowym, druga zaś w południkowym. Obie rynny zostały wytworzone na szlaku skrzyżowania się dwóch systemów odpływu wód, które przepływały w okresie zlodowacenia pod czaszą lodowca. Wody te płynąc pod lodem, znajdowały się pod ciśnieniem hydrostatycznym powodując erozję wgłębną i przyczyniając się do znacznej i zróżnicowanej głębokości zbiornika (od średniej wynoszącej 15,2 m do maksymalnej – 72 m).

Ogromne bryły martwego lodu, pochodzące z rozpadu lądolodu i oddzielone od głównego lodowca, zaległy w obniżeniach terenu i zakonserwowały je. Gdy klimat uległ znacznemu ociepleniu, te zagrzebane w materiale morenowym (w sandrowych piaskach oraz żwirach) bryły wytopiły się, a zachowane rynny wypełniała woda. W ten sposób powstało podłużne jezioro rynnowe o nietypowym kształcie i urozmaiconej linii brzegowej. Silnie rozwinięte brzegi Jeziora Wdzydzkiego częściowo pokryte są lasem i miejscami wznoszą się na wysokość od 7 do 10 m ponad lustro wody”.