Powierzchnia jeziora od 1941 roku zmniejszyła się o około 382 ha i współcześnie nadal ulega dalszemu ograniczeniu. Proces wypłacania zbiornika obserwowany jest na całym jego obszarze. W strefie przybrzeżnej przyczyn zjawiska należy upatrywać w osadzaniu się piasku nawiewanego z obszarów wydmowych Mierzei Łebskiej oraz w postępującym rozwoju szuwarów trzcinowych, rosnących w przybrzeżnych płyciznach i na podmokłych brzegach. Tworzą one wokół zbiornika pas o zmiennej szerokości od kilkunastu do prawie 400 metrów. Również z dala od brzegu, z roku na rok obserwuje się wzrost powierzchni i liczby nowo utworzonych wysp szuwarowych, wynurzających się z toni wodnej.

Woda w jeziorze jest eutroficzna (zasobna w składniki pokarmowe) i mało przezroczysta. Zanieczyszczenia przenoszone przez zasilające jezioro rzeki oraz dochodzące do niego ujścia rowów melioracyjnych sprawiają, iż wody tego akwenu zaliczane są zaledwie do III klasy czystości. Ze względu na zajmowaną powierzchnię oraz położenie w strefie oddziaływania wiatrów o znacznej sile (średnia prędkość 4,1 m/s) jezioro Łebsko podlega silnemu falowaniu. Podobnie jak w przypadku jeziora Gardno w czasie silnych sztormowych wiatrów wiejących od strony Bałtyku wody morskie mieszają się z wodami jeziora Łebsko. To okresowe zjawisko cofki, czyli wlewów słonawej wody morskiej przez ujściowy odcinek rzeki Łeby wywołuje niewielkie, zmienne zasolenie wód jeziornych oraz okresowe podniesienie lustra wody. Różnica zaledwie 10 cm w położeniu poziomów lustra wody Bałtyku i Łebska znacznie nasila ten proces.

Miejscami zasolenie osiąga wartość 10 promili. Dno jeziora urozmaicone jest przez ciągnące się głębokie, równoleżnikowe rynny. Brzeg południowy przeważnie podmokły. Część przybrzeżna wód silnie zarośnięta szuwarami. Ze względu na ochronę miejsc lęgowych ptactwa wodnego, udostępnione tylko jezioro wzdłuż wytyczonego szlaku. Na południowym brzegu wsie rybackie: Żarnowska, Gać, Izbica, Kluki, na północnym Rąbka.