W tym czasie powstały też dwie, dodatkowe kaplice przylegające do wieży kościoła. W 1596 roku nastąpił podział kaplicy znajdującej się przy prezbiterium na dwie kondygnację, z przeznaczeniem na potrzeby szkoły. W jednym z pomieszczeń znajdujących się w wieży, zostało umiejscowione kościelne archiwum. W roku 1668 grożący zawaleniem się hełm wieży kościelnej znany z mapy Lubinusa z 1618 roku, został rozebrany. W jego miejsce powstał nowy, o barkowej formie. 8 grudnia 1703 roku, w czasie burzy hełm wieży został zniszczony.
W kościelnej wieży, w tym czasie znajdowało się pięć dzwonów. Bezpośrednio pod czterospadowym dachem biegła dookoła galeryjka, a tuż nad nią pięła się do góry dwukondygnacyjna wysmukła wieżyczka. W 1803 roku rozebrano kaplice znajdujące się przy północnej nawie, 1854 roku demontażowi uległy kaplice przylegające do wieży.
Kościół uzyskał neogotycką formę architektoniczną, m.in. szczyty nad nawami bocznymi, nowe otwory drzwiowe i okienne w wieży. We wnętrzu budynku, usunięto wszystkie empory, chór organowy został przeniesiony pod wieżę. Uroczysta konsekracja odbyła się w listopadzie 1860 roku. W takim stanie, kościół przetrwał do wiosny 1945 roku. W trakcie pobytu Armii Czerwonej w Słupsku, spłonął hełm wieży oraz dach kościoła wraz z cała Słupską Starówką. Poważnie uszkodzone zostało sklepienie oraz zniszczono wnętrza. Nowi parafianie przystąpili do odbudowy zniszczeń. Po dwóch latach, w 1947 roku budowlę przykryto nowym dachem, uporządkowano zniszczenia wojenne i przywrócono pierwotne funkcje świątyni. W roku 1995 na całym dachu kościoła pojawiła się nowa dachówka. Natomiast w latach 2003÷2004 odbudowano kościelną wieżę oraz zrekonstruowano barokowy hełm.
Charakteryzuje się, bowiem masywną sylwetkę, a jednocześnie jej najważniejsze części; korpus, prezbiterium i wieża są wyraźnie zaznaczone. Ściany świątyni murowane są z cegieł o charakterystycznym dla gotyku układzie; wątku wendyjskim i polskim. Do południowej ściany korpusu przylega zakrystia i ośmioboczna wieżyczka mieszcząca schody. Korpus budynku pokryty jest dachem dwuspadowym, natomiast wieża czterospadowym.
Pierwotne wyposażenie kościoła uległo zagrabieniu i zniszczeniu już w czasie zamieszek na tle religijnym w 1625 roku. Następne, niepowetowane szkody przyniósł rok 1945. Tylko ze zdjęć znamy barokowy ołtarz główny, o bogato rzeźbionym prospekcie z szeregiem dwustronnie malowanych obrazów. Dzieło zostało wykonane przez słupskiego snycerza Pawła Waltersdorfa (z cechu bursztynników) w 1630 roku. Do dzisiaj zachowała się późnorenesansowa ambona jego dłuta, z roku 1609 z widocznymi na korpusie i balustradzie, scenami z życia Chrystusa oraz postaciami ewangelistów i świętych. Ornamenty pokrywa polichromia i złocenia. Prawdziwa ozdoba tej ambony – kilkukondygnacyjny ambont, bursztynowa korona z XVII wieku została zdemontowana w czasie wojny i zaginęła. Do naszych czasów zachowały się także dwa epitafia; z obrazem Ukrzyżowanego i klęczącymi postaciami w bogato rzeźbionej ramie, pochodzące z połowy XVII wieku. Oraz epitafium Szymona Schreodera, przedstawiające upadek Chrystusa pod krzyżem z 1671 roku.
Jednym, ale za to wspaniałym zabytkiem z pierwotnego, gotyckiego wyposażenia kościoła jest grupa rzeźbiarska „Ukrzyżowanie”. Przedstawia Chrystusa na krzyżu, a pod nim Matkę Boską Bolejącą i św. Jana. Nad postaciami i pod stopami Chrystusa widoczni są aniołowie z atrybutami męki pańskiej. Końce ramion krzyża i drzewce ozdobione są u dołu płaskorzeźbami symboli ewangelistów. Autorem tego dzieła, był prawdopodobnie mistrz Paweł z Gdańska. Pierwotnie rzeźba znajdowała się na belce tęczowej, umieszczonej wysoko pod stropem między nawą główną a prezbiterium. Dzięki temu zapewne, dzieło to ocalało od zniszczenia w okresie reformacji, której towarzyszyły w Słupsku gwałtowne wystąpienia ludności miejskiej. Około połowy XIX wieku, grupę umieszczono na ścianie wschodniej północnej nawy kościoła.
