Pierwszy kościół i parafia w Gwieździnie istniały już w drugiej połowie XIV wieku. Od połowy następnego stulecia osada należała do dóbr królewskich, stanowiąc w okresie kontrreformacji główną bazę wypadową jezuitów stacjonujących w pobliskich Chojnicach. Początki istniejącej do dziś drewnianej świątyni tradycja wiąże z fundacją Radziwiłłów. Wg pewnych źródeł obecny kościół budowano już w latach 1688-90, na początku XVIII w. świątynia miała mocno podupaść i zostać włączona do parafii w Przechlewie.

W 1754 rozbudowano i wyświęcono drewnianą świątynię o konstrukcji zrębowej, reaktywując miejscową parafię. W pierwotnym zarysie budynek sakralny składał się z jednoprzestrzennej nawy na rzucie kwadratu i węższego od niej, trójbocznie zamkniętego prezbiterium. W jego wnętrzu znajdował się barokowy ołtarz, prospekt organowy oraz empora chóru.

W latach 1826/1827 kościół przebudowano, jego nawę wydłużono o 10 m w kierunku zachodnim, dobudowano od czoła świątyni wieżę, pokrywając nawę gontem. Część jego zabytkowych, barokowych rzeźb można dziś oglądać w człuchowskim muzeum. W świątynie zastąpiły je rzeźby współczesne wykonane przez artystę ludowego pochodzącego z Gwieździna.