Zakon Cystersów gospodarował Ziemią Pelplińską przez prawie sześć wieków. Szarzy mnisi, jak powszechnie nazywano dawniej cystersów, wznieśli tu wspaniały klasztor, dzięki uposażeniu z rąk księcia Mściwoja II. z roku 1274, który podarował im Pelplin oraz ziemie pomiędzy rzekami Wierzycą, Janką i Węgiermucą. Konwent z opatem Wernerem na czele przybył tu z Meklemburgii w dwa lata później.

Legenda głosi, że miejsce pod budowę klasztoru wybrał osioł wypuszczony z przejściowej siedziby cystersów z Pogódek. Kiedy dotarł do Pelplina, zaryczał i dalej pójść nie miał już zamiaru. Mnisi zauroczeni krajobrazem pięknej doliny Wierzycy postanowili tu pozostać. Opat Werner rzec miał wówczas: „Bonum Est nos hic esse” czyli „Dobrze jest nam tu być”.

Z pewnością zakonnicy zastali tu już wcześniejsze zabudowania – ich najstarsze ślady pochodzą z przełomu XIII i XIV wieku.

Kiedy cystersi wznosili nad Wierzycą monumentalną świątynię na planie krzyża łacińskiego, rozeźlił się wielce diabeł czyhający na grzeszne dusze. Widząc niezwykłe piękno budowli wznoszonej ku chwale Boga Jedynego, zapragnął szatan ją zniszczyć i pognębić szarych mnichów. Pod osłoną nocy krążył po całym Kociewiu, by znaleźć kamień tak olbrzymi, którym mógłby zniszczyć katedrę. Kiedy blisko był realizacji swego niecnego planu, zaskoczył go świt. O pierwszym pianiu koguta czarna moc go opuściła a dźwigany z trudem głaz olbrzymi wpadł do Wierzycy i osiadł na dnie, gdzie znajduje się do dnia dzisiejszego.

Podczas dwóch wieków wznoszenia pelplińskiej świątyni miało miejsce jeszcze wiele innych zdarzeń, których przyczyną mogła być diabelska zawiść, o czym informuje Kronika Pelplińska. Mimo licznych przeciwności budowlę ukończono, wykorzystując nowatorskie urządzenia techniczne: wyciąg deptakowy, kołowroty i równoważnie – używane do wciągania drewnianych elementów więźby dachowej, do dnia dzisiejszego budzą powszechny podziw zwiedzających katedralne poddasza. Za datę zakończenia budowy przyjmuje się jednak rok 1557, w którym założono ostatnie sklepienia.

Od południa dobudowano do świątyni klasztor o skrzydłach skupionych wokół krużganków okalających prostokątny wirydarz (ogród wewnętrzny). Poza murami klasztornymi na początku XIV w. wzniesiono „kaplicę przed bramą” przeznaczoną dla konwersów i ludności świeckiej (dziś kościół filialny pod wezwaniem Bożego Ciała). W XIV wieku powstały też piękne zabudowania gospodarcze, bowiem opactwo pelplińskie otrzymywało sukcesywnie kolejne nadania ziemskie od książąt oraz królów polskich: Przemysława, Wacława II, Wacława III i Władysława Łokietka.

Klasztor rozwijał kulturę piśmienniczą, w tym miejscowe skryptorium. Ono to powiększało sukcesywnie książnicę klasztorną, której ogromna część przetrwała do dziś w Bibliotece Diecezjalnej. Opactwo zostało spustoszone w wyniku najazdu husytów (1433) oraz kilkakrotnie zrabowane podczas wojny trzynastoletniej (1454-1466) i w XVII w. podczas wojen polsko-szwedzkich. Jednak także w tym czasie nastąpił intensywny rozwój opactwa, głównie dzięki licznym fundacjom.

W 1823 r. król pruski Fryderyk Wilhelm III wydał dekret o kasacie opactwa. Dziedzictwo cysterskie zagospodarowane zostało przez Diecezję Chełmińską a Pelplin stał się jej stolicą (od 1992 Diecezja Pelplińska).