W roku 1436 przy świątyni powstała szkoła parafialna, znana z dobrego poziomu nauczania i ciesząca się dużą popularnością aż do początków XX wieku. W latach 1622-1945 był głównym kościołem gdańskich ewangelików reformowanych. Odbywały się tutaj nabożeństwa po polsku, angielsku, francusku i niemiecku.
Budowla spłonęła w 1945 roku. Podczas zdobywania Gdańska, kościół został zbombardowany, a później podpalony przez żołnierzy Armii Czerwonej. Runęły wówczas konstrukcje dachowe prezbiterium, nawy południowej i częściowo nawy głównej. Oberwaniu uległa większość sklepień. Zburzone zostały trzy filary międzynawowe. Proces odbudowywania świątyni trwa do dnia dzisiejszego.
Ze względu na pożary, bombardowania, dostosowanie kościoła do celów gospodarczych a także fakt, że kościół przez ponad 300 lat był świątynią kalwińską, ogromna część wyposażenia nie ostała się do czasów współczesnych.
Na uwagę zasługuje Kaplica Uphagenów z zachowanym epitafium w formie antycznej oraz rokokową drewnianą obudową. Cenna jest piękna kolekcja żyrandoli z XVII wieku uratowanych przed zniszczeniem. W prezbiterium trwa odtwarzanie barokowego ołtarza głównego w którym zamontowanych zostanie 60% autentycznych detali, w tym barokowy obraz Niepokalanego Poczęcia NPM. W nawie północnej stalla renesansowa z XVII w.
Prowadzone są prace konserwatorskie przy ok. 60 płytach nagrobnych. Wewnątrz kościoła zgromadzono też elementy barokowej snycerki. Zaplanowano odtworzenie empory muzycznej w nawie południowej, z wykorzystaniem części autentycznej stolarki. W zakończeniu nawy północnej zachowana została gotycka chrzcielnica z XV wieku.
Świątynia pw. św. Piotra i Pawła znajduje się nieopodal szkoły średniej kształcącej przyszłych mistrzów piekarstwa i cukiernictwa. W związku z tym, piekarze i cukiernicy gdańscy wyszli z inicjatywą połącznia Cechów Piekarzy Polskich we wspólnym dziele budowy ołtarza św. Klemensa Dworzaka – Patrona Piekarzy i Cukierników. Uroczyste poświęcenie Dworzaka nastąpiło 13 sierpnia 2006 roku.
Gdański kościół przy Żabim Kruku to również miejsce, w którym odnaleźć można ślady wielokulturowości historycznego Gdańska. Spoczął w nim na wieki Anton van Obberghen, przybyły z Flandrii architekt i budowniczy tak wspaniałych obiektów jak Wielka Zbrojownia, czy Ratusz Staromiejski. Znajdziemy tu również epitafia szkockiej rodziny Davissonów, której przedstawiciel, Daniel Davisson był mężem prawnuczki Jana Heweliusza. Innymi Szkotami pochowanymi u Piotra i Pawła są rodziny Turnerów i Moore’ów.
Z daleką Armenią łączy Gdańsk obecność wspólnoty ormiańskiej, która ma własną kaplicę w Kościele św. św. Piotra i Pawła. W kaplicy znajduje się obraz Płaczącej Madonny, przywieziony w latach 50. z dawnego Stanisławowa (dz. Ivano-Frankiwsk) przez księdza Kazimierza Filipiaka, wikariusza generalnego katolików obrządku ormiańskiego w Polsce. Tuż przy gotyckim murze kościoła, w tzw. Zaułku Ormiańskim, stoi chaczkar – tradycyjny, kamienny krzyż pochodzący z Armenii i będący symbolem polsko-ormiańskich związków.
Fot. Rafał Baranowski, Dep. Turystyki UMWP
